Raphaël Lami

Domaine d’expertise

THEMATIQUE DE RECHERCHE

Les interactions microbiennes dans les biofilms: diversité, fonctions, applications biotechnologiques.

Les biofilms sont des associations complexes de microorganismes qui se développent dans des environnements extrêmement variés. Ils colonisent des surfaces naturelles ou artificielles et sont essentiels au bon fonctionnement des écosystèmes ou des organismes. Mais ces structures peuvent se révéler aussi néfastes dans de multiples contextes. Ils constituent des réservoirs d'organismes pathogènes, obstruent les canalisations, favorisent la corrosion des matériaux. Par ailleurs, les méthodes de lutte contre les biofilms font appel à des composés chimiques souvent connus pour leur toxicité pour l'homme et l'environnement.

L'objectif de mes projets de recherche est de mieux comprendre la diversité et le fonctionnement des biofilms environnementaux, mais également les mécanismes cellulaires et moléculaires conduisant à leur mise en place. En particulier, ma recherche se focalise sur les mécanismes clefs que sont les interactions entre cellules (quorum sensing, quorum quenching en particulier) et qui régulent de nombreuses activités microbiennes dans les biofilms. La connaissance de ces mécanismes clefs permet de développement et l'évaluation de solutions antifouling innovantes et écoresponsables, qu'elles soient chimiques ou basées sur la production de revêtements innovants.

 

Financements obtenus.

Projet DUMACOBIO - Durability, protection and environmental impact of marine structures – (bio)corrosion, anti-corrosion, ecodesign, biocolonisation (Région Occitanie) / 2022-2026 (PI Alexandra Bertron, INSA Toulouse).

Projet FORESTFILM - Biofilms de la Réserve Naturelle Nationale de la forêt de la Massane ( Fondation Hermès / Réserve de la Massane) / 2022-2023.

Projet PAINTBIO Développement de nouvelles peintures autopolissantes antifouling écoresponsables (projet de valorisation / préamaturation CNRS) (CoPI avec Pr Soizic Prado et Dr. Lionel Marcon) / 2022-2023.

Projet Emergence "Lupin" (Sorbonne Université) / 2021-2023.

Aquatic Symbiosis Genomic project (The Sanger Institute) (PI of the "hub": Oleg Simakov, University of Vienna) / 2021-2023. https://www.sanger.ac.uk/collaboration/aquatic-symbiosis-genomics-project/

Projet International Emerging Actions "Antibiosalm" (CNRS) / 2021-2022. En collaboration avec l'Université Laval à Québec (Canada).

Programme EC2CO "Intimité" (CNRS) / 2019-2020.

ANR Internationale "Secil" (Porteur: Dr Didier Stien) 2016-2019.

Programme EC2CO "Roseocom" (CNRS) / 2015-2016.

Programme Emergence-Convergence "Endoquo" (Sorbonne Universités) / 2015-2016.

Programme Emergence-UPMC "Cobamar" (UPMC) / 2012-2015.

 

Réseaux et financements industriels. 

Membre de l'Alliance Matériaux Sorbonne Université : https://sciences.sorbonne-universite.fr/actualites/alliance-materiaux

Programmes de recherche collaboratifs public-privé avec le Conservatoire National du Saumon Sauvage (http://www.saumon-sauvage.org/), entreprises du secteur du BTP (2017-2023). 

 

Thèses et post-doctorants (co)-encadrés.

Camille Ferré (2022-2025) (avec Lionel Nicole, Sorbonne Université)

Emilie Adouane (2020-2023) (avec Soizic PRADO, MNHN).

Mattea Romani (2018-2021) (avec Philippe Lebaron, Sorbonne Université).

Anne Tourneroche (2015-2018) (avec Soizic Prado, MNHN).

Léa Girard (2014-2017) (avec Julia Baudart et Marcelino Suzuki, Sorbonne Université).

Elodie Blanchet (2015).

Margot Doberva (2012-2016) (avec Sophie Sanchez Brosseau et Philippe Lebaron, Sorbonne Université).

 

RESPONSABILITES COLLECTIVES

Responsable du service enseignement de l'Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer.

Membre élu au Conseil de la Faculté des Sciences et Ingénierie de Sorbonne Université.

 

ENSEIGNEMENT 

Enseignements à Sorbonne Université

Coresponsable des unités "Génomique environnementale et applications biotechnologiques", "Physiologie intégrative des microorganismes" - Master Biologie Moléculaire et Cellulaire / Master  Microbiologie - Environnement - Santé (SU-MNHN).

Responsable de l'école d'été "Microworlds: Mondes microbiens marins, approches pratiques" / Master Sciences de la Mer.

https://www.obs-banyuls.fr/index.php/fr/former/stages-d-ete/microworlds.html

Implication dans l'enseignement de la microbiologie dans les stations marines de Banyuls-sur-Mer, de Roscoff,  et sur le campus de Sorbonne Université à Paris.

Implication dans la préparation à l'Agrégation des Sciences de la Vie et de la Terre à Sorbonne Université (secteur A et B).

 

Projets d'enseignement

Ces projets ont pour ambition d'aider et de soutenir le renouvellement des pratiques pédagogiques à l'Université pour développer l'autonomie des étudiants dans leurs apprentissages, la diversification et l'internationalisation de leurs parcours, la définition de leur projet professionnel. L'enjeu est l'acquisition de connaissances et de compétences pour favoriser l'insertion de chaque étudiant dans le monde professionnel.

 

Projet Dal@SU (co-porteur de projet avec Sophie Sanchez-Brosseau)

Dal@SU est un programme d'échanges d'étudiants de Licence Sciences de la Vie Sorbonne Université avec l'Université de Dalhousie (Halifax, Canada). L'objectif est d'initier les étudiants de Licence qui le souhaitent aux Sciences de la Mer sur le campus d'Halifax. Nous recevons aussi des étudiants canadiens qui viennent se former en France pour acquérir des compétences de pointe dans les domaines de recherche développés dans la station (Projet initié par l'AAP Sorbonne Universités Forminnov).

 

E-marin'lab (co-porteur de projet avec Yves Desdevises. 2014-2018).

Projet lauréat du prix PEPS 2017 dans la catégorie "Innovation pédagogique, mention numérique"

Dans le cadre de la procédure d'appui aux initiatives pédagogiques initiée par l'Idex SUPER et visant la transformation innovante de la Licence, E-marin'Lab a été un projet  qui a eu pour objectif la mise en mise en place d'une plateforme d'enseignement en ligne en Sciences de la Mer. Ce projet e-Marin'Lab a réuni les stations marines de l'UPMC (Roscoff, Villefranche-sur-Mer, Banyuls-sur-Mer), le campus de Jussieu, le MNHN (Museum National d'Histoire Naturelle) et l'Université Paris Sorbonne. E-Marin'Lab a fédéré environ 50 enseignants, chercheurs et ingénieurs de ces établissements.

L'objectif de ce projet a été d'initier, de sensibiliser, de former, d'entrainer les enseignants en Sciences de la Mer aux nouvelles approches pédagogiques qui se répandent aujourd'hui dans de nombreuses universités, et d'accompagner leurs étudiants. Cette intiation s'est faite avec l'appui du numérique, mais avec pour objectif de renforcer l'autonomie des étudiants dans leurs apprentissages, et de dynamiser les interactions enseignants-étudiants pour favoriser ces apprentissages.

http://emarinlab.obs-banyuls.fr

 

Autres projets d'enseignements en ligne

Développement de courts modules d'enseignement en ligne sur la biodiversité méditerranéenne (financement: UVED), les échelles du vivant en biologie marine (financement: Unisciel). Développement d'enseignements en ligne dans le cadre du "Master MIRO" de valorisation des patrimoines (Université de Perpignan) et du programme "Digitalmarine" (Station biologique de Roscoff).

email address :

raphael.lami@obs-banyuls.fr

Fonction et rattachement

Maitre de Conférences UPMC (2010), HDR (2018), Hors Classe (2022).

Carrière

Post-doctorats:

ATER de l'UPMC (2009)

College of Marine and Earth Studies, University of Delaware (USA) (2008-2009)

Equipe & supervision: Pr. David L Kirchman

Doctorat

Océanographie biologique et environnement marin, UPMC (janvier 2008)

Direction: Pr. Philippe Lebaron

Agrégation

Agrégation externe en Sciences de la Vie et de la Terre (2003)

Publications

(45) Lami R (2022). A history of teaching in a marine laboratory, the Laboratoire Arago of Banyuls-sur-Mer. Vie et Milieu, Life and Environment. In press

(44) Grellier N, Suzuki MT, Brot L, Rodrigues AMS, Humbert L, Escoubeyrou K, Rainteau D, Grill JP, Lami R, Seksik P (2022) Impact of IBD-associated dysbiosis on bacterial quorum sensing mediated by acyl-homoserine lactone in human gut microbiota. International Journal of Molecular Science, in press.

(43) Lami R, Molmeret M, Urios L, Grimaud R (2022) Quorum sensing in biofilms: A key mechanism to target in ecotoxicological studies. Critical reviews in microbiology. In press.

(42) Uroz S, Geisler O, Fauchery L, Lami R, Rodrigues AM, Morin E, ... & Oger, P. (2022). Genomic and transcriptomic characterization of the Collimonas quorum sensing genes and regulon. FEMS Microbiology Ecology, 98(11), fiac100.

(41) Flom H, Adamska M, Lami R, Gazave E, D'Aniello S, Schierwater B, Boutet A (2022). DigitalMarine: an online platform for blended learning in a marine experimental biology module, the Schmid Training Course. BioEssays. In press.

(40) Rodrigues A, Lami R, Escoubeyrou K, Intertaglia L, Mazurek C, Doberva M, Pérez-Ferrer P, Stien D (2022) Acyl Homoserine Lactone Discovery and Annotation by LC-MS/MS-based Molecular Networking. Journal of Proteome Research. In press.

(39) Urvoy M, Labry C, L'Helguen S, Lami R (2022) Quorum sensing regulates processes that play a major role in marine biogeochemical cycles. Frontiers in Marine Science. In press.

(38) Romani M, Warscheid T, Nicole L, Marcon L, Di Martino P, Suzuki MT, ... Lami R (2022). Current and future chemical treatments to fight biodeterioration of outdoor building materials and associated biofilms: moving away from ecotoxic and towards efficient, sustainable solutions. Science of the Total Environment 802:149846.

(37) Urvoy M, Lami R, Dreanno C, Delmas D, L'Helguen S, Labry C (2021). Quorum sensing regulates the hydrolytic enzyme production and community composition of heterotrophic bacteria in coastal waters (2021) Frontiers in Microbiology 12:3831.

(36) Lami R, Gastineau S, Flom H, Desdevises Y (2021). Big Steps, little change: A case study in french university teachers’ cognitions in the context of pedagogical innovation. Frontiers in Education 6:466.

(35) Urvoy M, Lami R, Dreanno C, Daudé D, Rodrigues A, Gourmelon M, L'Helguen S, Labry C (2021) Quorum sensing disruption regulates hydrolytic enzyme and biofilm production in estuarine bacteria. Environmental Microbiology 23(11):7183-7200.

(34) Pinto J, Lami R, Krasovec M, Grimaud R, Urios L, Lupette J, Escande M-L, Sanchez F,  Intertaglia I, Grimsley N, Piganeau G, Sanchez-Brosseau S (2021) Features of the opportunistic behaviour of the marine bacterium Marinobacter algicola in the microalga Ostreococcus tauri phycosphere. Microorganisms 9(8):1777.

(33) Romani M, Adouane E, Carrion C, Veckerlé C, Boeuf D, Fernandez F, Lefèvre M, Intertaglia L, Rodrigues AMS, Lebaron P,  Lami R (2021) Diversity and activities of pioneer bacteria, algae and fungi colonizing ceramic roof tiles during the first year of outdoor exposure. International Biodeterioration and Biodegradation 162:105230.

(32) Vincent A, Intertaglia L, Loyer V, Paquet, V, Adouane E, Martin P, Bérard C, Lami R, Charette S. AsaGEI2d: a new variant of a genomic island identified in a group of Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida isolated from France, which bears the pAsa7 plasmid (2021) FEMS Microbiology Letters 368(4) fnab021.

(31) Romani M,  Carrion C, Fernandez F, Lebaron P, Lami R (2021) Methyl potassium siliconate and siloxane inhibit the formation of multispecies biofilms on ceramic roof tiles: Efficiency and comparison of two common water repellents. Microorganisms. 9:394. 

(30) Tourneroche A, Lami R, Burgaud G, Domart-Coulon I, Li W, Gachon C,..., Prado, S (2020). The bacterial and fungal microbiota of Saccharina latissima (Laminariales, Phaeophyceae). Frontiers in Marine Science 7:587566.

(29) Vallet M, Chong YM, Tourneroche A, Genta-Jouve G, Hubas C, Lami R, ..., Prado, S (2020). Novel α-hydroxy γ-butenolides of kelp endophytes disrupt bacterial cell-to-cell signaling. Frontiers in Marine Science 7:601.

(28) Roux N, Lami R, Salis P, Magré K, Romans P, Masanet P, Lecchini D, Laudet V (2019). Sea anemone and clownfish microbiota diversity and variation during the initial steps of the symbiosis. Scientific Reports. 9:19491.

(27) Hoang T, Barthélemy M, Lami R, Stien D, Eparvier V, Touboul D (2019). Annotation and quantification of N-acyl homoserine lactones implied in bacterial quorum-sensing by Supercritical-Fluid Chromatography coupled to High-Resolution Mass Spectrometry (SFC-HRMS). Analytical and Bioanalytical Chemistry 412:2261-2276.

(26) Hayek M, Baraquet C, Lami R, Blache Y, Molmeret M (2019). The marine bacterium Shewanella woodyi produces C8-HSL to regulate bioluminescence. Microbial Ecology 79:865-881.

(25) Barnier C, Clerissi C, Lami R, Intertaglia L, Lebaron P, Grimaud R, Urios L (2019) Description of Palleronia rufa sp. nov., a biofilm-forming and AHL-producing Rhodobacteraceae, reclassification of Hwanghaeicola aestuarii as Palleronia aestuarii comb. nov., Maribius pontilimi as Palleronia pontilimi comb. nov., Maribius salinus as Palleronia salina comb. nov., Maribius pelagius as Palleronia pelagia comb. nov. and emended description of the genus Palleronia. Systematic and Applied Microbiology 43(1):126018.

(24) Romani M, Carrion C, Fernandez F, Intertaglia L, Pecqueur D, Lebaron P, Lami R (2019) High bacterial diversity in pioneer biofilms colonizing ceramic roof tiles. International Biodeterioration & Biodegradation 144:104745

(23) Tourneroche A, Lami R, Hubas C, Blanchet E, Vallet M, Escoubeyrou K, Paris A, Prado S (2019) Bacterial-fungal interactions in the kelp endomicrobiota drive autoinducer-2 quorum sensing. Frontiers in Microbiology 10:1693.

(22) Girard L, Blanchet E, Stien D, Baudart J, Suzuki MT, Lami R (2019) Evidence of a large diversity of N-acyl-homoserine lactones in symbiotic Vibrio fischeri strains associated with the squid Euprymna scolopes. Microbes and Environments 34(1):99-103

(21) Girard L, Lantoine F, Lami R, Vouvé F, Suzuki MT, Baudart J (2019). Genetic diversity and phenotypic plasticity of AHL-mediated Quorum sensing in environmental strains of Vibrio mediterranei. The ISME Journal 13:159–169

(20) Blanchet E, Prado S, Stien D, Oliveira da Silva J, Ferandin Y, Batailler N, Intertaglia L, Escargueil A, Lami R (2017). Quorum sensing and quorum quenching in the Mediterranean seagrass Posidonia oceanica microbiota. Frontiers in Marine Science 4:218

(19) Doberva M, Stien D, Sorres J, Hue N, Sanchez-Ferandin S, Eparvier V, Ferandin Y, Lebaron P, Lami R (2017) Large diversity and original structures of acyl-homoserine lactones in strain MOLA 401, a marine Rhodobacteraceae bacterium. Frontiers in Microbiology 8:1152

(18) Girard L, Blanchet E, Intertaglia L, Baudart J, Stien D, Suzuki, M, Lebaron P, Lami R (2017). Characterization of N-acyl homoserine lactones in Vibrio tasmaniensis LGP32 by a biosensor-Based UHPLC-HRMS/MS Method. Sensors 17(4):906

(17) Jardak M, Abdelli F, Laadhar R, Lami R, Stien D, Aifa S, Mnif S (2017) Evaluation of biofilm-forming ability of bacterial strains isolated from the roof of an old house. The Journal of General and Applied Microbiology : 2016-10

(16) Rolland JC, Stien D, Sanchez-Ferandin S, Lami R (2016) Quorum sensing and quorum quenching in the phycosphere of phytoplankton: a case of chemical interactions in ecology. J. Chem Ecol 42(12):1201–1211

(15) Boeuf D, Lami R, Cunnington E,  Jeanthon C (2016) Summer abundance and distribution of proteorhodopsin genes in the western Arctic Ocean. Frontiers in Microbiology 7:1584

(14) Lupette J,  Lami R, Krasovec M, Grimsley NH, Moreau H, Piganeau G,  Sanchez-Ferandin S (2016) Marinobacter dominates the bacterial community of the Ostreococcus tauri phycosphere in culture. Frontiers in Microbiology 7:141

(13) Sauret C, Tedetti M, Guigue C, Dumas C, Lami R, Pujo-Pay M, Conan P, Goutx M, Ghiglione JF (2015) Influence of PAHs among other coastal environmental variables on total and PAH-degrading bacterial communities Environmental Science and Pollution Research 23(5):4242-56

(12) Doberva M, Sanchez-Ferandin S, Toulza E, Lebaron P, Lami R (2015) Diversity of quorum sensing autoinducer synthases in the Global Ocean Sampling metagenomic database. Aquat Microb Ecol 74:107-119

(11) Lami R, Kirchman DL (2014) Diurnal expression of SAR11 proteorhodopsins and 16SrRNA genes in coastal Noth Atlantic waters. Aquatic Microbial Ecology 73:185-194

(10) Doberva M, Sanchez Ferandin S, Ferandin Y, Intertaglia L, Croué J, Suzuki M, Lebaron P, Lami R (2014) Genome sequence of the sponge-associated Ruegeria halocynthiae strain MOLA R1/13b, a marine Roseobacter with two quorum sensing-based communciations systems. Genome Announcements 2(5):e00998-14

(9) Doberva M; Sanchez-Ferandin S, Ferandin Y, Intertaglia L, Joux F, Lebaron P, Lami R. (2014) Genome Sequence of Maribius sp. strain MOLA 401, a marine Roseobacter with a quorum sensing cell-dependent physiology. Genome Announcements 2(5) e00997-14

(8) Lami R, Jones CL, Cottrell MT, Lafferty BJ, Ginder-Vogel M, Sparks DL, Kirchman DL (2013) Arsenite modifies structure of soil microbial communities and arsenite oxidization potential. FEMS Microbiol Ecol 84(2):270-279

(7) Lamy D, De Carvalho-Maalouf P, Cottrell MT, Lami R, Catala P, Oriol L, Caparros J, Ras J, Kirchman DL, Lebaron P (2011) Seasonal dynamics of aerobic anoxygenic phototrophs in a Mediterranean coastal lagoon. Aquat Microb Ecol 62:153-163

(6) Obernosterer I, Lami R, Larcher M, Batailler N, Catala P, Lebaron P (2010) Linkage between bacterial carbon processing and the structure of the active bacterial community at a coastal site in the NW Mediterranean Sea. Microbial Ecology 3:428-435

(5) Lami R, Cottrell MT, Campbell BJ, Kirchman DL (2009) Light dependant growth and proteorhodopsin expression by Flavobacteria and SAR11 in Delaware coastal waters. Environmental Microbiology 12:3201-3209

(4) Lami R, Cuperova Z, Ras J, Lebaron P, Koblizek M. (2009) Distribution of free-living versus particle-attached aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in marine environments. Aquatic Microbial Ecology 55:31-38

(3) Lami R, Ghiglione JF, Desdevises Y, West N, Lebaron P (2009) Annual patterns of presence and activity of marine bacetrial populations by 16SrDNA - 16SrRNA fingerprints in the NW Mediterranean Sea. Aquatic Microbial Ecology 54:199-210

(2) Obernosterer I, Catala P, Lami R, et al. (2008) Activity of major phylogenetic groups of heterotrophic prokaryotes in the surface microlayer of the South East Pacific Ocean. Biogeosciences 5:693-705

(1) Lami R, Cottrell MT, Ras J, Ulloa O, Obernosterer I, Claustre H, Kirchman DL, Lebaron P (2007) High abundances of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the South Pacific Ocean. Applied and Environmental Microbiology 73:4298-4205

Chapitres de livre:

(2) Lami R, Grimaud R, Sanchez-Brosseau F, Six C, Thomas F, West NJ, Joux F, Urios L Marine Bacterial Models for Experimental Biology. Handbook of Marine Model Organisms in Experimental Biology: Established and Emerging. In press

(1) Lami R (2019) Quorum sensing in marine biofilms and environments. In Quorum Sensing: Molecular mechanism and biotechnological application. Elsevier. In press
 
 
Vulgarisation scientifique:

(7) Lami R (2022) Question 19. Comment conduire la lutte antifouling de manière durable et écologique ? Un enjeu majeur pour l'avenir des océans. 30 questions sur l'Océan, dir. Christophe Prazuck. Presses Sorbonne Université.

(6) Lami R, Teyssedre A (2019). Dialogues et coopération chez les bactéries. L’Encyclopédie de l’environnement. https://www.encyclopedie-environnement.org/vivant/dialogues-et-cooperation-chez-les-bacteries/

(5) Lami R, Teyssèdre A (2019) Coopération par quorum sensing chez les bactéries. Regards et débats sur la biodiversité 85, site hébergé par la Société française d’Ecologie et d’Evolution https://www.sfecologie.org/regard/r85-mars-2019-lami-et-teyssedre-quorum-sensing/

(4) Lami R, Nisembaum LG, Tourneroche A (2017): Pau-brasil, l'arbre qui donna son nom au Brésil. Espèces 24:34-39

(3) Lami R, Salaün R (2016) Fontainebleau : quand la forêt inspire les artistes. Espèces 21:44-49

(2) Lami R (2013) Voyage au centre d'une goutte d'eau de mer. Espèces 10:48-55

(1) Lami R, Lebaron P (2008) Les séquences inattendues du grand bleu. Biologie-Géologie 2:325-334
 
Autres interventions :

Pour maîtriser les biofilms, les chercheurs catalans innovent en s'inspirant de la Nature. L'indépendant édition du 02/12/2020. 

Interview sur CBC Radio Canada Vancouver (13 Mai 2016) - Phare Ouest / Marie Villeneuve.

Conférencier invité, colloque "Biodiversité et innovation" (2016) - Consulat de France à Vancouver / University of British Columbia. 

Prix et distinctions

Etablissements fréquentés

Diplômes français et étrangers

Clubs, sociétés savantes et associations

Loisirs