Axe Bases fondamentales des interactions microbiennes
Dans cet Axe nous étudions d’une part la diversité des micro-organismes et les processus conduisant à la structuration de la diversité microbienne, et d’autre part, le rôle des communautés microbiennes dans le fonctionnement de systèmes plus complexes (des holobiontes aux écosystèmes). Nous cherchons à comprendre les mécanismes de médiation chimique impliqués dans ces processus, en particulier dans les relations symbiotiques (sens de Bary). Par conséquent, l'étude de la chimiodiversité associée aux micro-organismes, en particulier la découverte de nouvelles structures moléculaires, représente une partie importante et significative de la recherche dans ce thème. Bien que bon nombre de nos études portent sur le microbiote associé aux organismes marins (p. ex. lichens, éponges et macrophytes), nous étudions également les interactions interspécifiques dans d'autres écosystèmes. Les processus d'interaction de cellule à cellule, le « quorum sensing », la diversité chimique des molécules de communication et leur rôle fonctionnel, dans la régulation de la formation de biofilms par exemple, font partie de cette thématique. Enfin les activités liées à la valorisation des molécules et extraits issus de ces recherches font partie de cette thématique de recherche.
Il s'agit d'un thème large, organisé en plusieurs sous-thèmes et activités
1. Isolement et characterisation des microorganismes et du microbiote environnemental
2. Caracterisation de produits naturels microbiens
3. Role des metabolites secondaires dans les symbioses
4. Interactions bactériennes : Biofilms, Quorum-Sensing Fouling