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Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes
LBBM - USR 3579

Raphaël Lami

Domaine d’expertise

THEMATIQUE DE RECHERCHE

Ecologie chimique et communication microbienne: de la biodiversité à la biotechnologie

Microbiologie environnementale, Communication cellulaire & environnement, Ecologie chimique, Quorum-sensing, Biofilms. Applications biotechnologiques dérivées: Antifouling, Composés bioactifs.

 

Avec plus d'un million de cellules par millilitre d’eau de mer, les bactéries sont des acteurs majeurs du fonctionnement des écosystèmes marins. De nombreuses études se sont portées sur les facteurs abiotiques de régulation de ces communautés, mais de nombreux facteurs biotiques, comme la communication cellulaire entre cellules (quorum-sensing), restent mal appréhendés. Paradoxalement, bien que de très nombreuses études aient été menées en laboratoire sur des souches modèles et intéressantes du point de vue médical, la connaissance de la diversité des molécules de communication, de leurs profils d'expression et de leurs effets sur les communautés naturelles reste très parcellaire. Ces questions sont d'autant plus importantes à aborder qu'elles ont un très fort potentiel appliqué en biotechnologies: l'importance de cette communication microbienne a été prouvée ou est fortement suspectée  dans la formation de biofilms, l'occurrence de fortes mortalités en culture ostréicole, la terminaison de blooms phytoplanctoniques toxiques,.... Ces questions sont abordées en couplant les outils de la microbiologie traditionnelle (approches culturales), de la génomique environnementale et de la chimie des substances naturelles.

 

Financements

Programme de recherche collaboratif avec le Conservatoire National du Saumon Sauvage (http://www.saumon-sauvage.org/)

Programmes de coopération EMBRC (2015-2017) (http://www.embrc-france.fr/fr)

ANR Internationale "SECIL" (Porteur: Dr Didier Stien) 2016-2020

Programme EC2CO "Roseocom" (CNRS) / 2015-2016

Programme Emergence-Convergence "ENDOQUO" (Sorbonne Universités) / 2015-2016

Programme Emergence-UPMC (UPMC) / 2012-2015

 

Post-doctorants encadrés :

Elodie Blanchet (2015)

 

Thèses (co)-encadrées :

Anne Tourneroche (2015-2018) (avec Soizic Prado, MNHN)

Léa Girard (2014-2017) (avec Julia Baudart et Marcelino Suzuki, LBBM Banyuls)

Margot Doberva (2012-2016) (avec Sophie Sanchez-Ferandin, BIOM Banyuls et Philippe Lebaron, LBBM Banyuls)

 

Participation à d'autres projets nationaux

ANR "Rhomeo" (2012-2015) - responsable de tâche  - Ecologie des bactéries à protéorhodopsines

 

ENSEIGNEMENT

Enseignements UPMC

Responsable des unités "Génomique environnementale et applications biotechnologiques", "Physiologie intégrative des microorganismes", "Microorganismes de l'environnement" - Master Biologie Moléculaire et Cellulaire / Master  "Microbiologie -Environnement - Santé UPMC-MNHN)

 Implication dans l'enseignement de la microbiologie, de l'océanographie biologique et des outils associés de biologie moléculaire (Station marine de Banyuls-sur-Mer, de Roscoff,  et campus Jussieu)

 

Projets d'enseignement en ligne

E-marin'lab (co-porteur de projet avec Yves Desdevises. 2014-2018).

Projet lauréat du prix PEPS 2017 dans la catégorie "Innovation pédagogique, mention numérique"

Les prix seront remis aux lauréats par Frédérique Vidal, ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, mardi 26 septembre 2017, à l'occasion des Journées nationales de l'Innovation pédagogique dans l'enseignement supérieur (JIPES).

 

Dans le cadre de la procédure d'appui aux initiatives pédagogiques initiée par l'Idex SUPER et visant la transformation innovante de la Licence, E-marin'Lab a été un projet de 360 k€ qui a eu pour objectif la mise en mise en place d'une plateforme d'enseignement en ligne en Sciences de la Mer. Ce projet e-Marin'Lab a réuni les stations marines de l'UPMC (Roscoff, Villefranche-sur-Mer, Banyuls-sur-Mer), le campus de Jussieu, le MNHN (Museum National d'Histoire Naturelle) et l'Université Paris Sorbonne. E-Marin'Lab a fédéré environ 50 enseignants, chercheurs et ingénieurs de ces établissements. La plateforme développée soutient aussi désormais un programme d'échanges d'étudiants de Licence Sciences de la Vie UPMC avec l'Université de Dalhousie (Halifax, Canada), pour aider les étudiants dans leurs apprentissages à distance et favoriser les interactions avec l'équipe enseignante en présentiel (projet Sorbonne Universités, AAP forminnov).

L'objectif de ce projet a été d'initier, de sensibiliser, de former, d'entrainer les enseignants en Sciences de la Mer aux nouvelles approches pédagogiques qui se répandent aujourd'hui dans de nombreuses universités, et d'accompagner leurs étudiants. Cette intiation s'est faite avec l'appui du numérique, mais avec pour objectif de renforcer l'autonomie des étudiants dans leurs apprentissages, et de dynamiser les interactions enseignants-étudiants pour favoriser ces apprentissages.

http://emarinlab.obs-banyuls.fr

 

Projets d'enseignements en ligne avec les UNTs UVED et Unisciel (porteur de projets, 2012-2015). Développement de courts modules d'enseignement en ligne sur la biodiversité méditerranéenne (http://www.obs-banyuls.fr/UVED), le développement durable des régions méditerranéennes (http://www.obs-banyuls.fr/fr/la_formation/enseignement_en_ligne/ecomedit.html), et les échelles du vivant en biologie marine (http://www.obs-banyuls.fr/unisciel). Montant moyen des projets: 10 Keuros

Projet d'enseignement en ligne "Miro" (enseignant participant). Développement d'enseignements en ligne dans le cadre du Master MIRO de valorisation touristique.

Coordonnées

Téléphone : 04 30 19 24 68
Courriel(s) : raphael.lami@obs-banyuls.fr

Fonction et rattachement

Maitre de Conférences UPMC (2010)

Carrière

Post-doctorats:

ATER de l'UPMC (2009)

 

College of Marine and Earth Studies, University of Delaware (USA) (2008-2009)

Equipe & supervision: Pr. David L Kirchman

 

 

Doctorat

Océanographie biologique et environnement marin, UPMC (janvier 2008)

Direction: Pr. Philippe Lebaron

 

Agrégation

Agrégation externe en Sciences de la Vie et de la Terre (2003)

Publications

(20) Blanchet E, Prado S, Stien D, Oliveira da Silva J, Ferandin Y, Batailler N, Intertaglia L, Escargueil A, Lami R (2017). Quorum sensing and quorum quenching in the Mediterranean seagrass Posidonia oceanica microbiota. Frontiers in Marine Science. In press.

(19) Doberva M, Stien D, Sorres J, Hue N, Sanchez-Ferandin S, Eparvier V, Ferandin Y, Lebaron P, Lami R (2017) Large diversity and original structures of acyl-homoserine lactones in strain MOLA 401, a marine Rhodobacteraceae bacterium. Frontiers in Microbiology 8:1152.

(18) Girard L, Blanchet E, Intertaglia L, Baudart J, Stien D, Suzuki, M, Lebaron P, Lami R (2017). Characterization of N-acyl homoserine lactones in Vibrio tasmaniensis LGP32 by a biosensor-Based UHPLC-HRMS/MS Method. Sensors 17(4):906.

(17) Jardak M, Abdelli F, Laadhar R, Lami R, Stien D, Aifa S, Mnif S (2017) Evaluation of biofilm-forming ability of bacterial strains isolated from the roof of an old house. The Journal of General and Applied Microbiology : 2016-10

(16) Rolland JC, Stien D, Sanchez-Ferandin S, Lami R (2016) Quorum sensing and quorum quenching in the phycosphere of phytoplankton: a case of chemical interactions in ecology. J. Chem Ecol 42(12):1201–1211

(15) Boeuf D, Lami R, Cunnington E,  Jeanthon C (2016) Summer abundance and distribution of proteorhodopsin genes in the western Arctic Ocean. Frontiers in Microbiology 7:1584

(14) Lupette J,  Lami R, Krasovec M, Grimsley NH, Moreau H, Piganeau G,  Sanchez-Ferandin S (2016) Marinobacter dominates the bacterial community of the Ostreococcus tauri phycosphere in culture. Frontiers in Microbiology 7:141

(13) Sauret C, Tedetti M, Guigue C, Dumas C, Lami R, Pujo-Pay M, Conan P, Goutx M, Ghiglione JF (2015) Influence of PAHs among other coastal environmental variables on total and PAH-degrading bacterial communities Environmental Science and Pollution Research 23(5):4242-56

(12) Doberva M, Sanchez-Ferandin S, Toulza E, Lebaron P, Lami R (2015) Diversity of quorum sensing autoinducer synthases in the Global Ocean Sampling metagenomic database. Aquat Microb Ecol 74:107-119

(11) Lami R, Kirchman DL (2014) Diurnal expression of SAR11 proteorhodopsins and 16SrRNA genes in coastal Noth Atlantic waters. Aquatic Microbial Ecology 73:185-194

(10) Doberva M, Sanchez Ferandin S, Ferandin Y, Intertaglia L, Croué J, Suzuki M, Lebaron P, Lami R (2014) Genome sequence of the sponge-associated Ruegeria halocynthiae strain MOLA R1/13b, a marine Roseobacter with two quorum sensing-based communciations systems. Genome Announcements 2(5):e00998-14

(9) Doberva M; Sanchez-Ferandin S, Ferandin Y, Intertaglia L, Joux F, Lebaron P, Lami R. (2014) Genome Sequence of Maribius sp. strain MOLA 401, a marine Roseobacter with a quorum sensing cell-dependent physiology. Genome Announcements 2(5) e00997-14

(8) Lami R, Jones CL, Cottrell MT, Lafferty BJ, Ginder-Vogel M, Sparks DL, Kirchman DL (2013) Arsenite modifies structure of soil microbial communities and arsenite oxidization potential. FEMS Microbiol Ecol 84(2):270-279

(7) Lamy D, De Carvalho-Maalouf P, Cottrell MT, Lami R, Catala P, Oriol L, Caparros J, Ras J, Kirchman DL, Lebaron P (2011) Seasonal dynamics of aerobic anoxygenic phototrophs in a Mediterranean coastal lagoon. Aquat Microb Ecol 62:153-163

(6) Obernosterer I, Lami R, Larcher M, Batailler N, Catala P, Lebaron P (2010) Linkage between bacterial carbon processing and the structure of the active bacterial community at a coastal site in the NW Mediterranean Sea. Microbial Ecology 3:428-435

(5) Lami R, Cottrell MT, Campbell BJ, Kirchman DL (2009) Light dependant growth and proteorhodopsin expression by Flavobacteria and SAR11 in Delaware coastal waters. Environmental Microbiology 12:3201-3209

(4) Lami R, Cuperova Z, Ras J, Lebaron P, Koblizek M. (2009) Distribution of free-living versus particle-attached aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in marine environments. Aquatic Microbial Ecology 55:31-38

(3) Lami R, Ghiglione JF, Desdevises Y, West N, Lebaron P (2009) Annual patterns of presence and activity of marine bacetrial populations by 16SrDNA - 16SrRNA fingerprints in the NW Mediterranean Sea. Aquatic Microbial Ecology 54:199-210

(2) Obernosterer I, Catala P, Lami R, et al. (2008) Activity of major phylogenetic groups of heterotrophic prokaryotes in the surface microlayer of the South East Pacific Ocean. Biogeosciences 5:693-705

(1) Lami R, Cottrell MT, Ras J, Ulloa O, Obernosterer I, Claustre H, Kirchman DL, Lebaron P (2007) High abundances of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the South Pacific Ocean. Applied and Environmental Microbiology 73:4298-4205
 
 
Vulgarisation scientifique:

Lami R, Nisembaum LG, Tourneroche A (2017): Pau-brasil, l'arbre qui donna son nom au Brésil. Espèces 24:34-39
Lami R, Salaün R (2016) Fontainebleau : quand la forêt inspire les artistes. Espèces 21:44-49
Lami R (2013) Voyage au centre d'une goutte d'eau de mer. Espèces 10:48-55
Lami R, Lebaron P (2008) Les séquences inattendues du grand bleu. Biologie-Géologie 2:325-334
 
Autres interventions :
Interview sur CBC Radio Canada Vancouver (13 Mai 2016) - Phare Ouest / Marie Villeneuve

Conférencier invité, colloque "Biodiversité et innovation" (2016) - Consulat de France à Vancouver / University of British Columbia


Prix et distinctions

 

Etablissements fréquentés

 

Diplômes français et étrangers

 

Clubs, sociétés savantes et associations

 

Loisirs

 

Marcelino Suzuki - 17/07/17

Traductions :