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Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes
LBBM - USR 3579

Julia Baudart-Lenfant

Domaine d’expertise

Ecologie de microorganismes pathogènes (Enterobacteriaceae, Salmonella spp., E. coli, Legionella spp., Vibrio spp.) dans les environnements aquatiques.

Dynamique, distribution, réservoirs, état physiologique, diversité, interactions pathogènes et environnement.

Domaines d'études : Environnements côtiers, continentaux et marins

Développements et application d'outils pour l'étude de ces pathogènes en milieu naturels, approches moléculaires pour l'étude de la diversité, détection et quantification par des méthodes cellulaires (IF, FISH, marqueurs et tests de viabilité) et moléculaires (PCR, qPCR en temps réel), Instruments de cytométrie (de flux et en phase solide), Microarrays, genosensors.

Coordonnées

Téléphone : +33 (0)4 68887347
Courriel(s) : baudart@obs-banyuls.fr

Fonction et rattachement

Enseignant-Chercheur de l'UPMC à l'Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer, CNRS, USR3579, Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes

Avenue Pierre Fabre, 66650 Banyuls-sur-mer, France

Carrière

 Dr Julia Baudart a obtenu son master et son doctorat en Océanologie Biologique à l’Université Pierre et Marie Curie en 1999. Elle a réalisé son doctorat à l’Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer sous la direction du Professeur Philippe Lebaron. Son doctorat a porté sur l’écologie de Salmonella spp. en milieu fluviatile et la relation existant entre ces pathogènes et les indicateurs de contamination fécale au sein de différents écosystèmes aquatiques (fleuve côtier, rejet urbains, milieu marin). Elle s’est intéressée aux apports fluviatiles et anthropiques de ces microorganismes (quantifier sous la forme de flux) lors de crues éclaires Méditerranéennes ainsi qu’à l’évolution physiologique de ces bactéries entériques soumises aux conditions de stress rencontrés en milieu marin en utilisant des marqueurs d’activité cellulaires et des outils de cytométrie. Elle s’est également intéressée à la diversité des salmonelles dans ces environnements. Ses travaux ont permis d’étayer le concept des cellules viables mais non cultivables et de poser la question de leur occurrence dans les environnements aquatiques et du risque sanitaire qu’elles représentent. Ses travaux l’ont amené à davantage axer sa thématique de recherche sur le développement de nouvelles méthodes de détection cellulaire in situ pour la recherche de ces formes viables dans l’environnement. Elle a poursuivi son activité de recherche post-doctorale à l’école Polytechnique de Montréal, dans le département de la Chaire Industrielle en Eau Potable, sous la direction du Professeur Michèle Prévost et s’est intéressée à l’étude de la dynamique des indicateurs de contamination fécale dans les réseaux de distribution d’eau potable Nord-Américain et aux facteurs contrôlant leur distribution. Ces travaux ont été possible en développant des outils cellulaires et moléculaires ultra sensibles pour rechercher les formes VBNC d’entérobactéries dans l’eau potable. A la suite de cette expérience post-doctorale, Dr. Baudart-Lenfant a intégré ensuite un poste de chercheur dans le département R&D de la société AES-Chemunex (2002-2005) (leader en techniques de microbiologie rapide). Elle a développé des tests rapides quantitatifs pour la détection de germes d’intérêt sanitaire (Enterobactericaeae, Escherichia coli, Salmonella spp., Listeria spp, Listeria monocytogenes,  Legionella pneumophila) à l’aide d’outils de cytométrie. En 2005, Dr. Baudart-Lenfant a choisi une nouvelle orientation professionnelle afin d’intégrer à nouveau le milieu de la recherche académique. Depuis 2006, elle est enseignant-chercheur à l’UPMC et exerce son activité de recherche à l’Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer au sein de l’équipe Biodiversité Microbienne et Biotechnologie. Ses activités de recherche concernent aujourd’hui principalement l’écologie dans les écosystèmes aquatiques continentaux et marins de microorganismes pathogènes. Elle s’intéresse à leur dynamique, leur états physiologiques, leur diversité, et aux facteurs environnementaux (biotique et abiotiques) qui contrôlent leur occurrence. Elle travaille sur le développement d’outils à haute résolution pour rechercher toutes les formes viables de ces pathogènes et à haute fréquence d'analyse pour une meilleure compréhension de leur dynamique in situ. Elle collabore dans des programmes nationaux et européens de recherche fondamentale et dans des programmes de recherche plus appliquée au travers de nombreux partenariats industriels (EDF, Véolia, AES-Chemunex). Depuis 2006, elle apporte également son expertise aux collectivités locales et aux bureaux d’étude pour des études portant sur l’évaluation de la qualité microbiologique des eaux marines de baignade.

Elle est aujourd’hui responsable de plusieurs unités d’enseignement formant des ingénieurs (Ecole Polytechnique de l’UPMC), des Master 2 de recherche et des Master 2 en apprentissage de l’UPMC.

 

Financements et programmes de recherche

FEDER-Région LR, BIOSEA2 (2015-2017). Développement d’un outil et d’un test de détection rapide des organismes planctoniques viables dans les eaux de Ballast (Porteur : Société BIOUV)

FP7-MICROAQUA European project (2011-2014). Universal microarrays for the evaluation of fresh-water quality based on detection of pathogens and their toxins ( Porteur : C. Gualerzi, UNICAM, Italy).

VERMEILLECOTOX (2012-2014). Etude Ecotoxicologique pluridisciplinaire des rejets en mer de la côte Vermeille (Agence de l’Eau RMC) (Porteur : JF JF. Ghiglione, LOMIC).

Recherche collaborative UPMC/EDF-LNHE (2004-2014).

Recherche collaborative UPMC/Véolia Innovation recherche (2007-2011).

E2CO CRUMED (CNRS) (2008-2010). Impacts des Crues  éclair Méditerranéennes sur la zone littorale (usages viticoles et touristiques) (Porteur : Katell Guizien-Kessier LECOB)

Recherche collaborative UPMC/AES-Chemunex (2002-2007).

 

 

Post-Docs encadrés :

Nathalie Paniel, 2011-2013

Jahir Orozco, 2009-2010

 

 

Thèses encadrées :

Elise Da-Silva, 2014, Thèse UPVD, ED 305 Energie-Environnement (avec Lise Barthelmebs, BAE, UPVD-Perpignan)

Léa  Girard, 2014, Thèse Université Pierre et Marie Curie, ED 227  (avec Raphael Lami et Marcelino Suzuki)

Nathalie Parthuisot, 2006-2009, Ecologie des légionelles en milieu aquatique. Bourse CIFRE EDF/CNRS – Ecole doctorale B2M UPMC - Thèse Université Pierre et Marie Curie (avec P. Lebaron, LBBM)

 

CDD encadrés

Justine Barbier, Ingénieur de Recherche en Instrumentation Optique (2016-2017)

Stéphanie Palesse, Ingénieur d’Etude en Techniques Biologiques (2015-2017)

Sébastien Peuchet, Ingénieur Microbiologiste  (2008-2011)

Hélène De Paoli, Technicienne (2009, 2008, 2007)

Mercier Anne, Ingénieur Microbiologiste (2008-2009)

Marion Mottier, Technicienne (2006-2009)

Claudie Jouanine, Technicienne (2007)

Elio Kok, Technicien (2006)

Publications

Da-Silva E., Barthelmebs L., Baudart J. 2016. Development of a PCR-free DNA-Based assay for the specific detection of Vibrio species in environmental samples by targeting the 16S rRNA. Environmental Science and Pollution Research (in Press).

Baudart J., Guillebault D., Mielke E., Meyer T.,Tandon N., Fischer S., Weigel W., and Medlin L.K. 2016. Microarray (phylochip) analysis of freshwater pathogens at several sites along the Northern German coast transecting both estuarine and freshwaters. Applied Microbiology and Biotechnlogy. (In Press). doi:10.1007/s00253-016-7937-2.

Ines Rodriguez, Maria Fraga, Amparo Alfonso, Delphine Guillebault, Linda Medlin, Julia Baudart, Pauline Jacob, Karim Helmi, Thomas Meyer, Ulrich Breitenbach , Nicholas M. Holden, Bas Boots, Roberto Spurio, Lucia Cimarelli, Laura Mancini , Stefania Marcheggiani, Meric Albay, Reyhan Akcaalan, Latife Köker, Luis M. Botana. 2016. Monitoring of freshwater toxins in European environmental waters by using novel multi-detection methods. Environ. Toxicol. Chem.Vol. (in press), 1-10. DOI 10.1002/etc.3577.

Marcheggiani, S.; D’Ugo, E.; Puccinelli, C.; Giuseppetti, R.; D’Angelo, A.M.; Gualerzi, C.O.; Spurio, R.; Medlin, L.K.; Guillebault, D.; Baudart-Lenfant, J.; Weigel, W.; Helmi, K.; Mancini, L. 2015. Detection of emerging and re-emerging pathogens in surface waters close to an urban area. Int. J. Environ. Res. Public Health, 12, 5505–5527. doi: 10.3390/ijerph120505505.

Schauer S, Jakwerth S, Bliem R, Baudart J, Lebaron P, Huhulescu S, Kundi M, Herzig A, Farnleitner AH, Sommer R, Kirschner A. 2015. Dynamics of Vibrio cholerae abundance in Austrian saline lakes, assessed with quantitative solid-phase cytometry. Environ Microbiol. 17(11):4366-78. doi: 10.1111/1462-2920.12861.

Baudart, J., Guillaume C., Mercier A., Lebaron P., and Binet M. 2015. Rapid quantification of viable Legionella in nuclear cooling tower waters using filter cultivation, fluorescent in situ hybridization, and solid phase cytometry. Journal of Applied Microbiology. 118(5):1238-49.

Baudart J et Paniel N. 2014. Sources et devenir des micro-organismes pathogènes dans les environnements aquatiques. N° spécial : micro-organismes pathogènes dans l’eau. Revue Francophone des Laboratoires. 459 :29-39.

Baudart J et Parthuisot N. 2014. Les légionelles. N° spécial : micro-organismes pathogènes dans l’eau. Revue Francophone des Laboratoires. 459 : 57-67.

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Parthuisot, N., Binet, M, Touron-Bodilis, A., Pougnard, C., Lebaron, P., and Baudart, J. 2011. Total and viable Legionella pneumophila in hot and natural waters as measured by immunofluorescence-based assays and solid phase cytometry. Appl. Environ. Microbiol. 77:6225-6232.

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Baudart J. and Lebaron P. 2010. Rapid detection of Escherichia coli in waters using fluorescent in situ hybridization, direct viable counting and solid phase cytometry. J. Appl. Microbiol. 109:1253-1264.

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Parthuisot N., Catala P., Lemarchand K, Baudart J., and Lebaron P. 2000. Evaluation of ChemChrome CV6 for bacterial viability assessment in waters. J. Appl. Microbiol. 89: 370-380.

Baudart J., Lemarchand K., Brisabois A., and Lebaron P. 2000. Diversity of Salmonella strains isolated from the aquatic environment as determined by serotyping and amplification of the ribosomal DNA spacer regions. Appl. Environ. Microbiol. 66: 1544-1552.

Baudart J., Grabulos J., Barusseau J-P., and Lebaron P. 2000. Salmonella spp. and fecal coliform loads in coastal waters from a point vs. nonpoint source of pollution. J. Environ. Qual. 29 : 241-250.

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Catala P., Parthuisot N., Bernard L., Baudart J., Lemarchand K., and Lebaron P. 1999. Effectiveness of CSE to counterstrain particles and dead bacterial cells with permeabilised membranes : application to viability assessment in waters. FEMS Microbiol. Lett. 178 : 219-226.

Lebaron P., Catala P., Fajon C., Joux F., Baudart J., and Bernard L. 1997. A new sensitive, whole-cell hybridization technique for detection of bacteria involving a biotinylated oligonucleotide probe targeting rRNA and tyramide signal amplification. Appl. Environ. Microbiol. 63 : 3274-3278.

 

 

Brevets et savoir faire

Parthuisot, N., Baudart J. et  Lebaron P. Enveloppe Soleau – dépôt de savoir-faire « Rapid detection and quantification of viable and total Legionella pneumophila in waters ». Numéro d’enregistrement : 320214, Date : 20/05/2008. Noms des déposants : UPMC, CNRS, EDF.

Baudart J. et  Lebaron P. Brevet d’application EPO (European Patent Office): Microorganisms detection and enumeration method. Date of filing 02/05/06. Patent N° = 06290698.7-2403.

 

Prix et distinctions

Bourse d'Excellence du Gouvernement du Québec (Ministère de l'éducation), 2000.

Lauréate du Trophée CH.E.N.E. (CHallenge, Ecologie, Nature, Environnement) organisé par la Région Languedoc-Roussillon, 2000.

 

Diplômes français et étrangers

Université Pierre et Marie Curie de Paris 06, PhD, 1995-1999.

Université Pierre et Marie Curie de Paris 06- Diplôme d'Études Approfondies d'Océanologie Biologique (DEA). Spécialité Environnement marin et Biogéochimie, 1994.

Université de Perpignan, Maîtrise ERASMUS d'Océanologie Appliquée, 1993.

Université des Sciences et Techniques de Lille I Flandres Artois, Maîtrise de Biologie des Organismes et des Populations - USTL. Spécialité Ecologie, 1992.

Université des Sciences et Techniques de Lille I Flandres Artois , Licence de Biologie, 1991.

 

Marcelino Suzuki - 09/12/16

Traductions :