Thème 1: Omique environnementale et mécanismes de régulation des communautés naturelles

Malgré l'immense progrès dans le domaine de l'écologie microbienne aquatique, tirée par le développement récent en techniques en -omiques et soutenus par des financements de la recherche par l'Etat et les grandes initiatives privées sans précédent [l'etude du océan global, GOS, le recensement international sur les microbes marins (ICoMM), l'expédition Tara Océans , l'initiative en microbiologie marine par la Gordon et Betty Moore Fondation et le projet sur le microbiome terrestre, (EMP)], il reste encore beaucoup à comprendre sur les caractéristiques spatiales et temporelles de la biodiversité microbienne dans l'environnement et le rôle des micro-organismes dans les milieux aquatiques. Notre recherche s'appuie sur la vaste quantité d'informations désormais disponibles et se concentre sur des questions relatives à la physiologie et l'activité des micro-organismes aquatiques.

Notre recherche vise à caractériser la fonctionnalité de micro-organismes prévalents dans l'environnement matin à l'aide des outils de la génomique, métagénomique, protéomique, bioinformatique, ainsi que des approches expérimentales utilisant des bioréacteurs et chémostats. Les données ainsi acquises permettent de lier l'identité et la fonction des microorganismes et sont utilisées pour évaluer l'activité des microbes jouant rôle crucial dans l'environnement.

Parmi une large variété de sujets, la recherche de LBBM se concentre en particulier sur la physiologie et l'écologie de la photohétérotrophie, sur la physiologie de la résistance aux rayons UV par des microorganismes et le rôle de quorum sensing sur la diversité et l'activité ou les micro-organismes marins. Ce thème fait actuellement l'objet du projet ANR RHOMEO et du projet Emergence ACYMAR UPMC, qui se concentre dans la diversité et l'expression de gènes impliqués dans l'activité du quorum sensing dans les environnements marins.

Quelques références sur ces thématiques publiées par le LBBM

• Courties A, Riedel T, Jarek M, Papadatou M, Intertaglia L, Lebaron P, Suzuki MT (2014) Draft Genome Sequence of the Gammaproteobacterial Strain MOLA455, a Representative of a Ubiquitous Proteorhodopsin-Producing Group in the Ocean. Genome Announc 2:e01203-13
• Matallana-Surget S, Cavicchioli R, Fauconnier C, Wattiez R, Leroy B, Joux F, Raftery MJ, Lebaron P (2013) Shotgun Redox Proteomics: Identification and Quantitation of Carbonylated Proteins in the UVB-Resistant Marine Bacterium, Photobacterium angustum S14. PLoS One 8:ee68112
• Matallana-Surget S, Villette C, Intertaglia L, Joux F, Bourrain M, Lebaron P (2012b) Response to UVB radiation and oxidative stress of marine bacteria isolated from South Pacific Ocean and Mediterranean Sea. Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology 117:254-261
• Yao D, Buchan A, Suzuki MT (2011) In situ Activity of NAC11-7 Roseobacters in Coastal Waters off the Chesapeake Bay based onftsZ Expression. Environ Microbiol 13:1032-1041