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Labo

Julia Baudart-Lenfant

Expertise

Baudart Julia (épouse Lenfant)

Ecologie microbienne et microbiologie sanitaire.

Etude de l'écologie de microorganismes pathogènes (Enterobacteriaceae, Salmonella spp., E. coli, Legionella spp., Vibrio spp.) dans les environnements aquatiques.

Dynamique, distribution, réservoirs, état physiologique, diversité, interactions pathogènes et environnement.

Domaines d'études : Environnements côtiers, continentaux, station d'épuration.

Développements et application d'outils pour l'étude de ces pathogènes en milieu naturels, typage moléculaire pour l'étude de la diversité (PCR-RSHP, PCR-SSCP), détection et quantification par des méthodes cellulaires (IF, FISH, CARD-FISH, marqueurs et tests de viabilité) et moléculaires (PCR, qPCR en temps réel), Instruments de cytométrie (de flux et en phase solide)

Contact Informations

Phone : +33 (0)4 68887347
Mail(s) : baudart@obs-banyuls.fr

Function and attachment

Enseignant-Chercheur de l'UPMC à l'Obsevatoire Océanologique de banyuls, CNRS, UMR7621, laboratoire d'Océanologie Microbienne (LOMIC)

Equipe Biodiversité et Biotechnlogie Microbienne

Avenue du Fontaulé, 66650 Banyuls-sur-mer, France

Career

 

Dr Julia Baudart-Lenfant a obtenu son master et son doctorat en Océanologie Biologique à l’Université Pierre et Marie Curie en 1999. Elle a réalisé son doctorat à l’Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer sous la direction du Professeur Philippe Lebaron. Son doctorat a porté sur l’écologie de Salmonella spp. en milieu fluviatile et la relation existant entre ces pathogènes et les indicateurs de contamination fécale au sein de différents écosystèmes aquatiques (fleuve côtier, rejet urbains, milieu marin). Elle s’est intéressée aux apports fluviatiles et anthropiques de ces microorganismes (quantifier sous la forme de flux) lors de crue éclaire Méditerranéenne ainsi qu’à l’évolution physiologique de ces bactéries entériques soumises aux conditions de stress rencontrés en milieu marin en utilisant des marqueurs d’activité cellulaires et des outils de cytométrie. Elle s’est également intéressée à la diversité des salmonelles dans ces environnements. Ses travaux ont permis d’étayer le concept des cellules viables mais non cultivables et de poser la question de leur occurrence dans les environnements aquatiques et du risque sanitaire qu’elles représentent. Ses travaux l’ont amené à davantage axer sa thématique de recherche sur le développement de nouvelles méthodes de détection cellulaire in situ pour la recherche de ces formes viables dans l’environnement. Elle a poursuivi son activité de recherche post-doctorale à l’école Polytechnique de Montréal, dans le département de la Chaire Industrielle en Eau Potable, sous la direction du Professeur Michèle Prévost et s’est intéressée à l’étude de la dynamique des indicateurs de contamination fécale dans les réseaux de distribution d’eau potable Nord-Américain et aux facteurs contrôlant leur distribution. Ces travaux ont été possible en développant des outils cellulaires et moléculaires ultra sensibles pour rechercher les formes VBNC d’entérobactéries dans l’eau potable. A la suite de cette expérience post-doctorale, Dr. Baudart-Lenfant a intégré ensuite un poste de chercheur dans le département R&D de la société AES-Chemunex (2002-2005) (leader en techniques de microbiologie rapide). Elle a développé des tests rapides quantitatifs pour la détection de germes d’intérêt sanitaire (Enterobactericaeae, Escherichia coli, Salmonella spp., Listeria spp, Listeria monocytogenes, Legionella pneumophila) à l’aide d’outils de cytométrie. En 2005, Dr. Baudart-Lenfant a choisi une nouvelle orientation professionnelle afin d’intégrer à nouveau le milieu de la recherche académique. Depuis 2006, elle est enseignant-chercheur à l’UPMC et exerce son activité de recherche à l’Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer au sein de l’équipe Biodiversité Microbienne et Biotechnologie. Ses activités de recherche concernent aujourd’hui principalement l’écologie dans les écosystèmes aquatiques continentaux et marins de microorganismes pathogènes d’origine entérique et d’une bactérie hydrotellurique pathogène pour l’homme: la légionelle. Elle s’intéresse à la dynamique de ces pathogènes dans les environnements aquatiques, à leur état physiologique, leur diversité, leur pathogénicité, et aux facteurs environnementaux qui contrôlent leur occurrence. Elle travaille sur le développement d’outils rapides pour rechercher toutes les formes viables de ces pathogènes et sur le développement d’outil de monitoring pour une meilleure évaluation de la qualité des eaux. Elle collabore dans des programmes nationaux et européens de recherche fondamentale et dans des programmes de recherche plus appliquée au travers de nombreux partenariats industriels (EDF, Véolia, AES-Chemunex). Depuis 2006, elle apporte également son expertise aux collectivités locales et aux bureaux d’étude pour des études portant sur l’évaluation de la qualité microbiologique des eaux marines de baignade.

Elle est aujourd’hui responsable de plusieurs unités d’enseignement formant des ingénieurs (Ecole Polytechnique de l’UPMC), des Master 2 de recherche et des Master 2 en apprentissage de l’UPMC.

Publications

Orozco J., Baudart J., and Medlin L. 2011. Evaluation of probes orientation and effect of the digoxigenin-enzymatic mark in a sandwich hybridization format to develop toxic algae biosensors. Harmful Algae (in press)

Baudart J., Robyns A, Peuchet S., Drocourt J.L. and Lebaron P. 2011. Sensitive counting of viable Enterobacteriaceae in seawaters and relationship with fecal indicators. J. Microbiol. Meth. 84:482-485.

Parthuisot, N., West, N. J., Lebaron, P., and Baudart J. 2010. High diversity and abundance of Legionella spp. in a pristine river and the impact of seasonal and anthropogenic effects. Appl. Environ. Microbio. 76:8201-10.

Baudart J. and Lebaron P. 2010. Rapid detection of Escherichia coli in waters using fluorescent in situ hybridization, direct viable counting and solid phase cytometry. J. Appl. Microbiol. 109:1253-1264.

Baudart J, Servais P., De Paoli H., Henry A., and Lebaron P. 2009. Rapid enumeration of Escherichia coli in marine bathing waters: potential interference of non-target bacteria. J. Appl. Microbiol. 107:2054-2062.

Henry A.., B audart J., Scherpereel G., Servais P., Lebaron P., Alloway C., Essemiani K., and Delabre K. 2008. Coliplage® an alternative method for the real time monitoring of E. coli numbers in bathing waters. Proceedings of AWWA-Water Quality Technology Conference, Cincinnati, USA, 16-20 November.

Baudart J., Olaizola A., Coallier J, Gauthier V., and Laurent P. 2005. Assessment of a new technique combining a viability test, whole-cell hybridization and laser-scanning cytometry for the direct counting of viable Enterobacteriaceae cells in drinking water. FEMS Microbiol. Letters. 243 : 405-409.

Lebaron P., Catala P., and Baudart J. 2004. Recent developments in the field of microbial ecology perspectives. Cytometry part A. 59A(1). May 2004.

Johnson P., Lebaron P., Deromedi T., Baudart J. and Catala P. 2004. Tests of a fountain flow cytometry system for real-time quantification of rare microorganisms in an aquatic environment. Cytometry part A. 59A(1). May 2004.

Baudart J., Catala P. and Lebaron P. 2004. Real time enumeration of Salmonella and Enterobacteriaceae cells in waters. Cytometry part A. 59A(1). May 2004.

Baudart J., Coallier J., Laurent P and Prévost M. 2002. Rapid and sensitive enumeration of viable diluted cells of members of the familly Enterobacteriaceae cells in freshwater and drinking waters. Appl. Environ. Microbiol. 68 : 5057-5063.

Rompré A., Servais P., Baudart J., DeRoubin M-R., and Laurent P. 2002. Detection and enumeration of coliforms in drinking water: current methods and emerging approaches. J. Microbiol. Meth. 49 : 31-54.

Baudart J., Olaizola A., Laurent P., Coallier J., and Prévost M. 2001. New rapid methods to track diluted Enterobacteriaceae cells in drinking water. Proceedings of AWWA-Water Quality Technology Conference, Nashville, USA, 11-15 November.

Laurent P., Besner M-C., Rompré A.., Gauthier V., Coallier J., Baudart J., Prévost M., et Servais P.. 2000. Coliformes en réseau de distribution d’eau potable : nouveaux outils et nouvelle approche pour un meilleur contrôle. Proceedings des Journées d’information Eau de Poitiers, France, 13-15 sept.

Parthuisot N., Catala P., Lemarchand K, Baudart J., and Lebaron P. 2000. Evaluation of ChemChrome CV6 for bacterial viability assessment in waters. J. Appl. Microbiol. 89: 370-380.

Baudart J., Lemarchand K., Brisabois A., and Lebaron P. 2000. Diversity of Salmonella strains isolated from the aquatic environment as determined by serotyping and amplification of the ribosomal DNA spacer regions. Appl. Environ. Microbiol. 66: 1544-1552.

Baudart J., Grabulos J., Barusseau J-P., and Lebaron P. 2000. Salmonella spp. and fecal coliform loads in coastal waters from a point vs. nonpoint source of pollution. J. Environ. Qual. 29 : 241-250.

Lebaron P., Bernard L., Baudart J., and Courties C. 2000. The ecological role of VBNC cells in marine environment. Proceeding of the 8th International Symposium on Microbial Ecology. ISME8, Halifax, Canada, 9-14 Aôut 1998 ; Vol.2 : 737-743.

Catala P., Parthuisot N., Bernard L., Baudart J., Lemarchand K., and Lebaron P. 1999. Effectiveness of CSE to counterstrain particles and dead bacterial cells with permeabilised membranes : application to viability assessment in waters. FEMS Microbiol. Lett. 178 : 219-226.

Lebaron P., Catala P., Fajon C., Joux F., Baudart J., and Bernard L. 1997. A new sensitive, whole-cell hybridization technique for detection of bacteria involving a biotinylated oligonucleotide probe targeting rRNA and tyramide signal amplification. Appl. Environ. Microbiol. 63 : 3274-3278.

 

 

Brevets et savoir faire

Parthuisot, N., Baudart J. et  Lebaron P. Enveloppe Soleau – dépôt de savoir-faire « Rapid detection and quantification of viable and total Legionella pneumophila in waters ». Numéro d’enregistrement : 320214, Date : 20/05/2008. Noms des déposants : UPMC, CNRS, EDF

Baudart J. et  Lebaron P. Brevet d’application Europe, Japon et US: Détection très sensible de microorganismes pathogènes et viables par cytométrie et sondes oligonucléotidiques. Déposé en avril 2006 (en cours de validation).

Baudart J. et  Lebaron P. Brevet d’application EPO (European Patent Office): Microorganisms detection and enumeration method. Date of filing 02/05/06. Patent N° = 06290698.7-2403.

 

Awards and Distinctions

Bourse d'Excellence du Gouvernement du Québec (Ministère de l'éducation), 2000.

Lauréate du Trophée CH.E.N.E. (CHallenge, Ecologie, Nature, Environnement) organisé par la Région Languedoc-Roussillon, 2000.

 

French and foreign diplomas

Ecole Polytechnique de Montréal, Chaire NSERC Industrielle en Eau Potable, PQ, Canada, Post-Doctoral fellow, 1999-2002.

Université Pierre et Marie Curie de Paris 06, PhD, 1995-1999.

Université Pierre et Marie Curie de Paris 06- Diplôme d'Études Approfondies d'Océanologie Biologique (DEA). Spécialité Environnement marin et Biogéochimie, 1994.

Université de Perpignan, Maîtrise ERASMUS d'Océanologie Appliquée, 1993.

Université des Sciences et Techniques de Lille I Flandres Artois, Maîtrise de Biologie des Organismes et des Populations - USTL. Spécialité Ecologie, 1992.

Université des Sciences et Techniques de Lille I Flandres Artois , Licence de Biologie, 1991.

 

Marcelino Suzuki - 17/07/16

Traductions :